Ogólnie biorąc ubarwienie żaby moczarowej jest podobne do ubarwienia żaby trawnej i dlatego rozróżnienie tych gatunków na podstawie wyłącznie tej cechy jest trudne i często prowadzi do pomyłek. Niezależnie jednak od tego zarówno w ubarwieniu jak i plamistości występują u żaby moczarowej charakterystyczne cechy, mające wartość taksonomiczną. Ubarwienie grzbietowej powierzchni ciała, tak jak u żaby trawnej, składa się z 3 elementów – barwy tła, plamistości barwnej i plamistości melano-forowej. Charakterystyczną dla gatunku barwą tła są różne odcienie barwy brązowej, od jasnokawowej, poprzez brązową, zgriiło-zielonka-wo-brązową, aż do ciemnoczekoladowej (dresden brown, sudan brown, tawny olive, carob brown). Podobnie jak u żaby trawnej występują okazy o barwie czerwonawej względnie ceglastej (mars orange, marocco red, brazil red, burnt sienna). Na tym tle występuje ciemna plamistość barwna, na którą składają się stałe elementy, jak plamy skroniowe, plama kątowa i poprzeczne pręgi na tylnych kończynach. Poza wymienionymi mogą występować u niektórych okazów plamy w paśmie grzbietowym i na powierzchniach bocznych. Plamy skroniowe u większości okazów są szczególnie dobrze zaznaczone, kontrastowo ciemnobrązowe (carob brown, clove brown) i na ogół są one znacznie wyraźniejsze niż u żaby trawnej. Ku przodowi łączą się one z wydłużonymi parzystymi plamami nosowymi, ku tyłowi sięgają aż do pach przednich odnóży. Od plamy szczękowej (m. max U lar is) są wyraźnie odgraniczone jasnokremowym polemPlama kątowa jest rozmaicie zaznaczona, u licznych okazów brak jej zupełnie. U jednych okazów jest ona ciemno ubarwiona, u innych kontrastowo jasnokremowa lub różowa, a tylko jej obrzeżenie jest ciemne lub prawie czarne. Poprzeczne pręgi na odnóżach s;i również rozmaicie zaznaczone, mniej lub więcej wyraźnie, u jednych okazów są one ciemne i szerokie, u innych wąskie i słabo widoczne, utrzymane jednak z reguły w barwie ciemniejszej od tła. Liczba ich na udzie waha się od 2 do 3, na podudziu od 3 do 4. Do charakterystycznych cech ubarwienia grzbietowej strony ciała należą jeszcze często jaskrawo (jasnokremowo) ubarwione fałdy grzbietowe, dzięki czemu pasmo grzbietowe {tr. dorsalis) jest wyraźnie odgraniczone od okolic bocznych. Plamy oczne rzadko występują. Na ogół kolorystyczna skala ubarwienia grzbietowej strony ciała, jak i osobnicza zmienność ubarwienia żaby moczarowej jest mniejsza niż żaby trawnej. Plamistość melanoforowa występuje u bardzo rzadkich okazów i w ogóle znacznie rzadziej niż u żaby trawnej. Ilość i wielkość czarnych plam są bardzo rozmaite, zaś układ ich może być mniej lub więcej symetryczny. Skupiają się one głównie w paśmie grzbietowym i w okolicach bocznych, poza tym występują wzdłuż fałdów grzbietowych oraz w połączeniu z plamą kątową.
Ubarwienie brzusznej powierzchni ciała jest kontrastowo jasne, białawe, żółta_we łub żółte, a cienka skóra okolicy miedniczej {r.pehinałiś) oraz brzusznej strony tylnych odnóży, wskutek zupełnego braku chromatoforów jest przeźroczysta. W związku z tym ubarwienie tych powierzchni jest żółtoróżowe od przeświecających spod skóry mięśni. Na jasnym tle brzusznej strony ciała może występować plamistość, znacznie jednak słabsza i delikatniejsza niż u żaby trawnej. Obecność lub brak plam oraz ich rozkład są cechami dymor-ficznymi.
Do bardzo charakterystycznych, gatunkowych cech ubarwienia żaby moczarowej należy plamistość okolic brzeżnych przeważającej większości okazów, samców i samic, w okolicach tych występują duże, kontrastowo ciemnobrązowe (carob brown) lub prawie czarne plamy ułożone wzdłuż boków brzucha. Występują one albo w postaci kilku dużych, okrągławych, oddzielnych plam, albo w postaci jednolitej, ciągłej plamy o nieregularnych, zaokrąglonych brzegach, wreszcie w postaci pasma wyraźnego marmur ku. W charakterze plam brzeżnych dają się również zauważyć różnice dymor-ficzne. Ogólnie biorąc do głównych cech taksonomicznych z zakresu ubarwienia zaby moczarowej, odróżniających ją od żaby trawnej, należą szczególnie wyraźnie zaznaczone plamy brzeżne, plamy skroniowe oraz słabo uplamiona względnie bezplamista brzuszna strona ciała. Podobnie jak u żaby trawnej występuje duża zdolność zmiany ubarwienia (kolorystyki) w zależności od warunków środowiska.